Осенью 1923 года открылась школа для детей скотоводов Судунтуя. Было построено два деревянных дома. Инициатором строительства школы был председатель Агинского аймачного исполнительного комитета Жанчип Очирон. В одном доме были классная комната, библиотека, комната для учителя, в другом -комнаты для девочек, мальчиков.
В 1935 году начальная школа была реорганизована в семилетнюю. Здание Гунэйского дацана было передано школе, и началось строительство двухэтажного здания. Первый выпуск семилетней школы состоялся в 1938 году. 595 человек окончили седьмой класс.
В 1961 году Судунтуйская средняя школа реорганизована в восьмилетнюю. Состоялось 4 выпуска 8-летней школы. 104 человека окончили восьмой класс. В эти годы были отремонтированы учебные корпуса, построена мастерская, общежитие, расширен пришкольный участок. Школа заняла I место по учебно-воспитательной работе, по подготовке школы к новому учебному году (директора Бадараев Х.Б., Дашиев Б-Д.Д.).
В 1947 году открылся 80-местный интернат, на содержание которого выделено 441 тысяча рублей.
В 1964 году построена новая школа.
В 1966-1967 учебном году школа была реорганизована в среднюю. Дети стали учиться в новом двухэтажном учебном корпусе. В 1968 году состоялся первый выпуск средней школы.
В 1998 году решением Агинской окружной Думы школе присвоено имя всемирно известного учёного, профессора Ц. Жамцарано. Цыбен Жамцаранович Жамцарано — бурятский, монгольский и советский учёный, общественно-политический деятель, один из создателей национальной государственности монгол и бурят. Член-корреспондент Академии наук СССР, доктор филологических наук, профессор.
Огромная заслуга в творческом развитии школы, организации в ней научно- исследовательской работы принадлежит Жалсановой Ганжидме Цыреторовне, «Отличнику народного просвещения РФ», «Заслуженному учителю РФ», руководителю высшей категории. Она занесена в «Книгу Почёта Сибири» за личный вклад в развитие национальной школы в 2004 году. Под ее руководством школа сделала прорыв в научной работе. С 1996 года поддерживает тесную связь с БГУ, БНЦ г.Улан-Удэ и ЗабГПУ ИПРЭК СО РАН г. Чита в рамках научно-образовательной сессии кружка «hудэн». В эти годы разработана программа развития школы, обеспечившая переход школы от традиционного функционирования к инновационному пути развития. Развивается новая образовательная система – система открытого, гибкого, индивидуализированно-дистанционного обучения. Школа стала одной из лучших инновационных школ округа.